境內(nèi)轄地唐代屬閩縣，宋、元兩代屬懷安縣，明代屬侯官縣，民國時期屬閩侯（林森）縣五區(qū)（新店區(qū)）。

中華人民共和國成立以后，屬洪山區(qū)；1952年析出，成立新店區(qū)，隸屬福州市郊辦處；1955年撤區(qū)建鄉(xiāng)，境內(nèi)轄地分設(shè)戰(zhàn)坂、溪里、湖前、西園四鄉(xiāng)，1957年郊辦處撤銷，境內(nèi)轄地分設(shè)湖前、戰(zhàn)坂兩鄉(xiāng)；1958年成立福州郊區(qū)人民公社新店分社，1960年改新店區(qū)，1969年改新店人民公社。

1970年，新店公社劃歸紅衛(wèi)（鼓樓）區(qū)，1975年劃回郊區(qū)，1977年8月改屬福州蔬菜生產(chǎn)管理區(qū)（后稱環(huán)城區(qū)），1982年復(fù)歸郊區(qū)。

1984年改新店鄉(xiāng)，1992年改新店鎮(zhèn)。

1996年，福州市區(qū)劃調(diào)整，郊區(qū)改稱晉安區(qū)，新店鎮(zhèn)歸屬晉安區(qū)。