早在青銅時代，九都鎮(zhèn)域內(nèi)就有人類生息，貴村溪尾山遺址曾發(fā)掘出石錛、礪石、夾砂黑陶片。

宋代屬霍山鄉(xiāng)水漈里。

明代設(shè)鄉(xiāng)、里、都、圖，現(xiàn)九都地域包括明代時九都部分及十都大部。

清代沿之。

民國時期，九都初屬二區(qū)，設(shè)有九邑鄉(xiāng)。

后屬霍童鎮(zhèn)。

1949年解放初期隸屬于八都。

1958年8月，設(shè)立九都人民公社。

1961年8月，撤銷人們公社，改稱九都區(qū)。

1966年7月復(fù)立九都人民公社。

1984年10月，撤銷公社建制，成立九都鄉(xiāng)。

1992年1月，改為鎮(zhèn)建制。

1967年之前公社機構(gòu)駐九都村，1967年之后遷扶搖村。