溪源鄉(xiāng)位于該鄉(xiāng)東溪與楚溪匯合口，故原名為楚上溪口，因駐地村名與建寧城外溪口同名，1950年改為溪源。

現以鄉(xiāng)駐地溪源村名為鄉(xiāng)名。

宋代至清代為東鄉(xiāng)的楚上、楚下保部份。

民國時期為第二區(qū)所轄的東安鄉(xiāng)。

第二次國內革命戰(zhàn)爭蘇維埃時期，屬陳嶺（溪口）區(qū)，并一度劃歸泰寧縣蘇維埃管轄。

民國22年（1933年）11月，閩贛省領導機關由黎川縣德勝關遷駐建寧縣城時，一度停駐楚上溪口（今溪源村）。

民國23年（1934年）1月，在溪源鄉(xiāng)都團村建立黎南縣，是縣委、縣蘇維埃政府所在地。

1950年建寧解放后，同年7月成立四區(qū)，溪源屬四區(qū)。

1953年區(qū)政府從黃坊遷址溪源。

1956年改為溪源區(qū)公所。

1958年成立溪源人民公社。

1959年遷址黃坊改為黃坊人民公社，1972年從黃坊人民公社劃出溪源等九個大隊成立溪源人民公社。

1984年改為溪源鄉(xiāng)人民政府。