原名樹德鄉(xiāng)，1930年改名為巷口鎮(zhèn)。

1942年為武隆設(shè)治局駐地，當(dāng)時(shí)轄19個(gè)保。

1951年一至七及十三保續(xù)置巷口鎮(zhèn)，八至十二保建廣楊鄉(xiāng)，十四至十九保置青杠鄉(xiāng)。

1953年8月擴(kuò)巷口鎮(zhèn)的鳳山、水井、芋荷、梓潼等8村建芋荷鄉(xiāng)。

擴(kuò)黃渡、茅坪村與黃鶯鄉(xiāng)的部分村建黃渡鄉(xiāng)。

1955年10月芋荷鄉(xiāng)、黃渡鄉(xiāng)撤后黃渡、茅坪村劃回巷口鎮(zhèn)。

1958年5月再擴(kuò)鳳山、青春、梓潼、高橋、四合等十一個(gè)村及土坎鄉(xiāng)的銀山、中贏村復(fù)置芋荷鄉(xiāng)。

1985年6月巷口鎮(zhèn)轄復(fù)興街、建設(shè)街、后街、馮家坡4個(gè)居民委員會及中堆村，26個(gè)居民小組。

1992年，青杠鄉(xiāng)、芋荷鄉(xiāng)、廣楊鄉(xiāng)并入，轄復(fù)興街、建設(shè)街等7個(gè)居民委員會33個(gè)居民小組，29個(gè)村134個(gè)村民小組。

1998年廣揚(yáng)鄉(xiāng)劃出。

2002年5月荊竹、楊柳、茶坪劃入仙女山鎮(zhèn)，巷口鎮(zhèn)轄7個(gè)居委、18個(gè)村。

2003年12月，中嘴鄉(xiāng)（除柏香村夾二巖村民小組外），青吉鄉(xiāng)、廣揚(yáng)鄉(xiāng)、蒲板鄉(xiāng)和仙女山鎮(zhèn)茶坪村一組劃入巷口鎮(zhèn)，全鎮(zhèn)轄49個(gè)行政村310個(gè)村民小組，8個(gè)居委35個(gè)居民小組。

2004年5月村（居）委規(guī)模調(diào)整，49個(gè)村合并為21個(gè)村。

2017年12月由于區(qū)劃調(diào)整巷口鎮(zhèn)分為芙蓉街道和鳳山街道。