新石器時(shí)代就有先民在境內(nèi)活動(dòng)。
夏商屬梁州地，周屬巴子國(guó)，秦、西漢屬巴郡朐忍縣。
東漢建安二十一年（216年），劉備分朐忍縣地置羊渠縣，治城在今萬(wàn)州區(qū)長(zhǎng)灘井，為萬(wàn)州建縣之始。
西晉初省羊渠縣，改置南浦縣，治城在今利川市南坪鎮(zhèn)。
東晉永嘉后南浦縣“地沒(méi)蠻夷”，于今萬(wàn)州區(qū)長(zhǎng)灘井置南浦僑縣。
西魏廢帝二年（553年），省南浦僑縣，析朐忍縣地置魚(yú)泉縣，徙治江北（今萬(wàn)州區(qū)環(huán)城路），并于魚(yú)泉縣置安鄉(xiāng)郡，管轄魚(yú)泉縣、梁山縣（治今梁平縣聚奎鎮(zhèn)黃土坎）。
北周設(shè)南州，管轄萬(wàn)川郡和懷德郡，改安鄉(xiāng)郡為萬(wàn)川郡，改魚(yú)泉縣為安鄉(xiāng)縣，后又改萬(wàn)川縣。
分臨江郡置南都郡，后改名懷德郡，管轄武寧縣。
分臨江縣新置源陽(yáng)縣，建德四年（575年）改名武寧縣。
隋開(kāi)皇三年（583年），廢萬(wàn)川郡、懷德郡，以州統(tǒng)縣。
開(kāi)皇十八年（598年），改萬(wàn)川縣為南浦縣。
南州管轄南浦縣、武寧縣、梁山縣。
大業(yè)三年（607年），省南州，南浦縣、武寧縣、梁山縣歸屬巴東郡。
唐置萬(wàn)州，管轄南浦縣、武寧縣、梁山縣。
宋仍置萬(wàn)州，管轄南浦縣、武寧縣，以梁山縣設(shè)梁山軍。
新設(shè)龍渠縣，隸屬忠州，治今龍駒鎮(zhèn)。
元省南浦縣入萬(wàn)州，省龍渠縣入忠州。
明洪武四年（1371年），省武寧縣入萬(wàn)州，六年（1373年）降萬(wàn)州為萬(wàn)縣，隸屬夔州府。
清仍隸夔州府。
1913年廢府后隸屬川東道。
1928年11月析萬(wàn)縣城區(qū)置萬(wàn)縣市，1935年10月裁撤萬(wàn)縣市并入萬(wàn)縣。
1935年6月，設(shè)置四川省第九行政督察區(qū)，管轄萬(wàn)縣、云陽(yáng)、開(kāi)縣等8縣。
1949年12月15日川東行署區(qū)設(shè)置萬(wàn)縣專區(qū)，并析萬(wàn)縣城區(qū)設(shè)置萬(wàn)縣市。
萬(wàn)縣專區(qū)管轄萬(wàn)縣市、萬(wàn)縣、云陽(yáng)、開(kāi)縣等9個(gè)縣市。
1968年5月，萬(wàn)縣專區(qū)改名為萬(wàn)縣地區(qū)。
1992年12月11日，撤銷(xiāo)萬(wàn)縣地區(qū)以及萬(wàn)縣市、萬(wàn)縣，設(shè)置萬(wàn)縣市（地級(jí)市），設(shè)立龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)。
萬(wàn)縣市管轄3個(gè)市轄區(qū)和開(kāi)縣、梁平縣、忠縣、云陽(yáng)縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣。
1996年9月15日，四川省委托重慶市代管萬(wàn)縣市。
1997年3月14日，重慶市直轄，萬(wàn)縣市正式劃歸重慶市管轄。
1997年12月20日，撤銷(xiāo)萬(wàn)縣市及其所轄的龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)，設(shè)立重慶市萬(wàn)縣區(qū)，同時(shí)設(shè)置重慶市萬(wàn)縣移民開(kāi)發(fā)區(qū)（與重慶市萬(wàn)縣區(qū)實(shí)行一套班子，兩塊牌子），代管開(kāi)縣、忠縣、云陽(yáng)縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣，梁平縣、城口縣由重慶市直管。
1998年2月20日，萬(wàn)縣區(qū)設(shè)立龍寶管理委員會(huì)、天城管理委員會(huì)、五橋管理委員會(huì)。
1998年5月22日，萬(wàn)縣區(qū)更名為萬(wàn)州區(qū)，萬(wàn)縣移民開(kāi)發(fā)區(qū)更名為萬(wàn)州移民開(kāi)發(fā)區(qū)。
2000年6月25日，經(jīng)國(guó)務(wù)院（國(guó)函〔2000〕88號(hào)）批準(zhǔn)，撤銷(xiāo)萬(wàn)州移民開(kāi)發(fā)區(qū)，原萬(wàn)州移民開(kāi)發(fā)區(qū)代管的忠縣、開(kāi)縣、云陽(yáng)、奉節(jié)、巫山和巫溪縣由重慶市直轄。
2000年7月10日，按《中共重慶市委、重慶市人民政府關(guān)于調(diào)整萬(wàn)州移民開(kāi)發(fā)區(qū)和黔江開(kāi)發(fā)區(qū)行政體制的實(shí)施意見(jiàn)》精神，萬(wàn)州區(qū)所屬龍寶、天城、五橋（管委會(huì)）更名為龍寶、天城、五橋移民開(kāi)發(fā)區(qū)。
2005年4月8日，經(jīng)重慶市委、市政府《關(guān)于同意撤銷(xiāo)萬(wàn)州區(qū)龍寶、天城、五橋移民開(kāi)發(fā)區(qū)的批復(fù)》（渝委〔2005〕73號(hào)）批準(zhǔn)，撤銷(xiāo)龍寶、天城、五橋移民開(kāi)發(fā)區(qū)，由萬(wàn)州區(qū)直接管理鎮(zhèn)鄉(xiāng)、街道。
沿用此名至今。