1949年前為上巖西鄉(xiāng)第九保轄。
1951年,改第九保分出置為農(nóng)家村,隸上巖西鄉(xiāng)。
1953年析上巖西鄉(xiāng)北西部置農(nóng)家鄉(xiāng),村被劃屬。
1956年1月,廢農(nóng)家鄉(xiāng)入上巖西鄉(xiāng),村復隸。
1958年,以境內(nèi)地名鹿井更名為為鹿井大隊。
屬上巖西人民公社。
1984年1月,改公社為鄉(xiāng),鹿井大隊也同時改稱為鹿井村,隸上巖西鄉(xiāng),2001年,新建黃家鎮(zhèn),上巖西鄉(xiāng)隸屬,村隨屬。
2003年村組調整時由原鹿井村、高橋村3組、巖嘴村6組組建為鹿井村,同時設立鹿井村村民委員會,隸屬黃家鎮(zhèn),沿用至今。