清末民初為浦里南門場甲，1930年，置南門場鄉(xiāng)。

1935年，改為南門場聯(lián)保。

1938年析西南部置東陽山聯(lián)保。

1940年設(shè)鄉(xiāng)廢聯(lián)保，并東陽山、南門場為南門鄉(xiāng)，1941年析置東陽鄉(xiāng)。

1953年分為南門為新浦、協(xié)和、和平。

芙蓉、蓮池5鄉(xiāng)和南門鎮(zhèn)。

1956年11月，5鄉(xiāng)1鎮(zhèn)再合并為南門鄉(xiāng)。

1958年為南門公社，1962年，析置花林公社。

1984年，改為南門鄉(xiāng)。

1992年9月改鄉(xiāng)為鎮(zhèn)，同時(shí)東陽、萬里2鄉(xiāng)并入南門鎮(zhèn)。

2005年8月，花林鄉(xiāng)并入南門鎮(zhèn)。