北臧村鎮(zhèn)相傳元時村中有古剎浮屠寺，以行善為本，故以臧村為名，意即“善人之居”。清光緒年間稱西藏村，后改今名。明、清屬順天府宛平縣。

1991年為鄉(xiāng)建制。位于大興縣西南部，距黃村西南7.5公里處。鄉(xiāng)域面積60平方公里。東隔京開公路與天堂河農(nóng)場相望；西隔永定河與房山區(qū)相望；南與龐各莊鎮(zhèn)、定福莊鄉(xiāng)接壤；北與黃村鎮(zhèn)、蘆城鄉(xiāng)為鄰。轄23個行政村。有5390戶21505人。1997年底，轄23個行政村。有5114戶，16715人。2000年合鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，撤銷北臧村鄉(xiāng)建制，設立北臧村鎮(zhèn)。境域面積及四至未變。2004年，鎮(zhèn)政府由原北臧村搬至北京生物工程與醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)基地天富大街10號院。

至2010年，鎮(zhèn)轄總面積60平方公里。轄23個行政村。戶籍人口19075人，流動人口14205人。中關(guān)村科技園區(qū)大興生物工程與醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)基地坐落在鎮(zhèn)域內(nèi)。