1949年2月設(shè)秦集小鄉(xiāng)，屬鳳陽縣宮集區(qū)管轄。

1952年劃歸懷遠縣馬城區(qū)。

1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)，由仁和、仲集、鐘井、秦集4個小鄉(xiāng)合并成立秦集大鄉(xiāng)。

1958年8月劃歸蚌埠郊區(qū)管轄，改稱秦集人民公社。

1980年3月，仲集、仁和、大孔、姜顧4個村劃出單獨成立仁和公社。

1984年1月撤銷仁和公社時，仲集、仁和、大孔、姜顧4個村歸還秦集原建制。

同年，為管好用好天河水面，省政府批準鳳陽宮集鄉(xiāng)的高埂、河北和懷遠縣廟前鄉(xiāng)的廣德3個村，郊區(qū)秦集鄉(xiāng)的棗林、九塘、大孔、西朱4個村，懷遠縣天河沿岸9個村，共16個村成立天河鄉(xiāng)。

1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)時，天河鄉(xiāng)并入秦集鄉(xiāng)。

2001年9月，秦集鄉(xiāng)改稱秦集鎮(zhèn)。

2003年轄25個村民委員會。

2004年2月區(qū)劃調(diào)整，劃歸禹會區(qū)管轄，仲集村劃歸蚌山區(qū)燕山鄉(xiāng)管轄。

2007年，該鎮(zhèn)馮東、馮西2村合并為馮嘴村，鎮(zhèn)轄23個村民委員會。

2020年6月，秦集鎮(zhèn)轄1個社區(qū)、29個行政村。