清宣統(tǒng)二年（1910），百善置鎮(zhèn)。

1912年后，百善設(shè)鄉(xiāng)，屬宿縣管轄。

1930年，百善鄉(xiāng)改宿縣第三區(qū)。

1939年6月，宿西縣辦事處下設(shè)柳孜區(qū)，后又改為百善區(qū)，下轄9個(gè)鄉(xiāng)；1947年，恢復(fù)宿西縣，設(shè)百善區(qū)。

1950年，百善設(shè)鄉(xiāng)，屬長(zhǎng)山區(qū)管轄。

同年8月15日，設(shè)百善區(qū)（濉溪縣第五區(qū)），下轄12個(gè)鄉(xiāng)。

1955年12月，區(qū)劃變動(dòng)，百善區(qū)下轄6個(gè)鄉(xiāng)1個(gè)鎮(zhèn)(百善鎮(zhèn)）。

1957年，百善區(qū)下轄8鄉(xiāng)一鎮(zhèn)（百善鎮(zhèn)）。

1958年8月撤百善區(qū)，成立百善、徐樓兩個(gè)人民公社。

1962年1月，恢復(fù)百善區(qū)建制。

1969年4月撤百善區(qū)，恢復(fù)百善、徐樓兩個(gè)人民公社。

1972年3月，百善公社劃分為百善、柳孜兩個(gè)公社。

1980年12月，百善區(qū)下轄8個(gè)公社；1983年4月，將百善區(qū)西北邊界的6個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)，分別劃歸鐵佛和劉橋兩區(qū)。

1984年，百善區(qū)由8個(gè)公社改為8個(gè)鄉(xiāng)。

1992年2月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，將百善鄉(xiāng)、宋廟鄉(xiāng)、楊柳鄉(xiāng)、青衛(wèi)鄉(xiāng)合并為百善鎮(zhèn)。

2000年，百善鎮(zhèn)為副縣級(jí)建制鎮(zhèn)。

2006年2月8日，百善、徐樓兩鎮(zhèn)合并為新的百善鎮(zhèn)。

2013年，徐樓行政村的翟橋自然村劃歸濉蕪產(chǎn)業(yè)園所轄，沿用至今。